La naturaleza de Isla Mujeres viene dada por la alta humedad de este lugar, lo que la hace ser una isla con abundante vegetación, una isla donde destacan los manglares, la selva baja y mamíferos, reptiles y aves acuáticas. Contoy, Garrafón… son algunas de las areas protegidas de Isla Mujeres.

En el Municipio de Isla Mujeres debemos destacar el Parque Nacional Isla Contoy, un parque que tiene una superficie de unas 5000 hectáreas, y que es un parque Marítimo Terrestre que engloba más de 7 kilómetros de extensión y una gran variedad de fauna, tanto terrestre como marina, tanto residente como migratoria. En Contoy podremos ver numerosas aves, entre las que destacan los pelícanos, las grullas o las fragatas.

También debemos destacar otra área protegida como es el Parque Nacional Costa Occidente. Otros sitios son Punta Cancún, Punta Nizuc, los arrecifes de coral… todo ello son zonas increíbles donde disfrutar de la naturaleza.

La selva tropical de isla Mujeres también hay que destacarla, más de la mitad de la isla es terreno protegido, así como su litoral marino, sus arrecifes, y en esta zona podremos encontrar abundante vegetación, flora y fauna.

En el sur de la isla encontramos el Parque Nacional Garrafón, un paraje protegido que encontramos a 6 kilómetros del centro de la Isla. En este lugar podrá disfrutar de unas vistas increíbles, así como de una fauna en la que destacan diversas especies de aves marinas y tortugas.

Son numerosos los puntos donde las tortugas marinas desovan cada año, por lo que le recomendamos tenga cuidado e infórmese antes de ir a la playa para evitar dañar los huevos.